ググってみると、環境変数のhttp_proxyとhttps_proxyにプロキシのURLを設定しろと書いてあるが、その設定と異なるURLを使おうとしているのが原因。どこに書いてある設定を使おうとしているんだろう。。
sudo -Eで環境変数を引き継いでroot権限で実行してもだめ。
/etc/apt/apt.confにプロキシ設定を書くとそっちを優先するようなので/etc/apt/apt.confに以下を書くと直った。
Acquire::http::proxy "http://your.proxy.address:8080/"; Acquire::https::proxy "https://your.proxy.address:8080/";