PyCharmのSSH Interpreterは便利だけど、使ってるといつの間にかサーバに修正したソースコードを自動でアップロードしてくれる機能が動かなくなることがよくある。。
その原因はdefault serverの設定がなぜか外れることっぽい。アップロードされなくなったら以下の「Click the Use as Default the Use as default button to have PyCharm silently apply the current configuration in the following cases:」を参考にしてdefault serverの設定をしなおすと直る。(自分の環境では今のところ問題なさそう)
この問題、ずっと悩まされてたけどようやく解決できそうで嬉しい・・!