具体的にはnavbar-brandクラスを付けた項目とcollapse navbar-collapseクラスを付けた項目が重なる。 原因はBootstrapのクラスのスタイルを上書きするルールが定義されていたから。
CSSを見たら以下のルールがあった。誰かがレイアウト調整のために追加したと思われる。
.collapse in, .collapsing, .collapse { position: absolute !important; width: auto; }
いやこれは勘弁してほしい。。Bootstrapのクラスの上書きはだめ絶対。
参考: