JenkinsのJobをバージョン管理する場合、config.xmlのみバージョン管理すればいい。
config.xml以外のすべてを無視する.gitignoreの書き方は以下。
* !jobs !jobs/*/ !config.xml
gitignoreの書き方がむずくて困っていたところにgitでJenkinsのconfig.xmlをバージョン管理したときの.gitignoreの記述 - MANA-DOTを発見し、非常に助かりました。ありがとうございます。
gitignoreでは、フォルダが無視されたらその中にあるファイルの除外設定をしても効かないんだね。。