原因は、pysenがgitコマンドを実行した時にエラーが発生したこと。git statusコマンドを実行したところ、以下のエラーメッセージが出た。
fatal: unsafe repository ('/opt/ml/code/kaggle' is owned by someone else) To add an exception for this directory, call: git config --global --add safe.directory /opt/ml/code/kaggle
なので git config --global --add safe.directory /opt/ml/code/kaggle を実行すると直った。