TensorFlow1.15で確認したが、tf.GraphDef.SerializeToStringは同じ重みファイルをインプットにしても毎回異なる文字列を生成する。
違いはフォーマット的なものであり、読み込んだら同じデータになるのだが、SerializeToString後の文字列をファイルに保存している場合、二つの重みファイルが同じものかどうかを判別できなくなるので困る。
そういう場合はtf.GraphDef.ParseFromStringでdeserializeしてから比較するといい。面倒だけど。。