ダウンロード先サーバが落ちてるのが原因らしい。 以下のようにしてキャッシュフォルダにMNISTを直接ダウンロードしてからfetch_mldataを実行すると直る。
cd ~/scikit_learn_data/mldata wget https://github.com/amplab/datascience-sp14/blob/master/lab7/mldata/mnist-original.mat
ライブラリのダウンロード先URLを↑のURLにしてくれればいいのに。。 まあ公式がGitHubアカウント作ってそのURLに変更するのがベストかな。
参考: