原因は、マージに失敗するなどして謎のUUIDがproject.pbxprojに残ってしまっていること。
project.pbxprojの中をunknown UUIDで検索すると、以下のような行が見つかる。
// 普通はこんな感じで、UUIDに対応するファイル名が書いてある。 FCD71ECBE65FA52C3CE06130 /* Example.xib in Resources */, // unknownなやつはファイル名がない F72FEE7E18D0425800332430,
ファイル名がないUUIDを削除すると直った。
project.pbxprojのマージ怖い。。