.xcodeprojを右クリック>このアプリケーションで開く で削除したバージョンのXCodeが出てきたり、コンソールで以下のようなエラーが出たりする。
xcrun: Error: could not stat active Xcode path '/Volumes/Xcode/Xcode45-DP1.app/Contents/Developer'. (No such file or directory)
これは以下を実行すると直る。
sudo xcode-select -switch /Applications/Xcode.app