そもそもXMLに順序は関係ないと思っていたが、関係ある場合もあるらしい。 XML Schemaを使うとweb.xmlなど特定の用途に使うXMLの仕様を記述できる。
web.xmlのXML Schemaは
http://java.sun.com/xml/ns/javaee/web-app_3_0.xsd で、さらにこれは↓を参照している。
http://www.oracle.com/webfolder/technetwork/jsc/xml/ns/javaee/web-common_3_0.xsd
この中でsession-configなどのタグとその順序が定義されている。