下記記事の通りやるとできた。
Doxygen+Graphvizで、Objective-Cのクラス図を作る - Qiita
手順を書き出すと以下。
・Doxygenインストール
・Doxyfile生成
brew install doxygen graphviz doxygen -g
・できたDoxyfileのHAVE_DOT = NOをYESに変更。
・doxygenをシェルスクリプトで実行
Doxyfileはどこに置くのがいいんだろうか。。
基本的にiOSアプリのプロジェクトはすべて同じDoxyfileで良さそうだから、プロジェクト側にはあまり持たせたくないなぁ。