IntelliJ系のIDEで.gitignoreでignoreしているはずのファイルの差分が出る

Version ControlのWindowとかに差分が出て、なぜ・・・となった。原因はそのファイルがStagingにaddされているため。 Stagingから除くと差分も出なくなる。 IDE上だとStagingされてるかどうか表示されないのでなかなか気付けなかった。。