robocopyコマンドを使うとできた。 以下のコマンドを実行すると、コピー元を監視し、変更があればコピー先に反映してくれる。 あと、バックグラウンドで実行するので複数のフォルダを同期できる。
start /B robocopy "コピー元のパス" "コピー先のパス" /mir /mon:1 start /B robocopy "コピー元のパス" "コピー先のパス" /mir /mon:1
参考：
Tech TIPS：Windowsのrobocopyコマンドでフォルダーをバックアップ／同期させる - ＠IT
How can I execute a Windows command line in background? - Super User
