一度removeしてから好きな位置にaddViewする。例は以下。
navigationBar.removeView(orderModeCheckbox);
if (orderModeCheckbox.isChecked()) {
navigationBar.addView(orderModeCheckbox, navigationBar.getChildCount()); // 一番最後に追加
} else {
navigationBar.addView(orderModeCheckbox, navigationBar.getChildCount() - 1); // 最後から二番目に追加
}
参考: