原因はIBM JavaとSun JavaはKeyStoreの互換性がないこと。 IBMのJDKに含まれるkeytoolで作成したkeystoreをSun JDKを使ったアプリから読み込もうとしていたのでだめだった。 JDKのメーカーを合わせると直った。 参考： stackoverflow.com

JavaでKeyStore#getEntryを実行すると「UnrecoverableKeyException」エラー