window.openで開いたタブしかwindow.closeで閉じられない

JavaScriptの仕様で決まっているのでこれは回避できない。。強引に回避するとしたら、

<a href="http://yahoo.co.jp">link</a>

のようになっているところを

<a href="javascript:window.open('http://yahoo.co.jp')">link</a>

のようにして、新しいタブでHPを開き、その中でwindow.closeを実行するようにすれば閉じられそう（未検証ですが）

参考： developer.mozilla.org